新疆农用微生物菌剂的特异肥效不仅为作物提供养分，还能分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等活性物质。能够刺激、调节和促进作物的生长发育，有利于作物增产。

       新疆农用微生物菌剂能有效提高农产品质量。实践证明，施用微生物肥料收获的农产品中蛋白质、糖、维生素、氨基酸等有益成分的含量明显提高，谷物和水果饱满光滑，蔬菜和水果色泽鲜艳，美味美观，价值高。一些微生物肥料产品还可以减少硝酸盐的积累，提高农产品的安全性。

       大多数新疆农用微生物菌剂中的有效菌具有分泌抗生素和各种活性酶的功能，能控制或杀灭病原菌，减少病害的发生，增强作物的抗逆性，增强作物的抗旱、抗寒、抗倒伏、防病、抗盐碱能力，有效预防作物生理性病害的发生。

       大多数有效的新疆农用微生物菌剂都能分解土壤中的有机物。腐殖酸是在有机物分解过程中产生的。土壤中的腐植酸和氮形成腐植酸铵，可以减少氮肥的流失。有效细菌溶解钾和磷，可将土壤中固化的化学钾肥和化学磷肥分解转化为有效的钾和磷，提高其利用率，减少生产投资和资源浪费。

       新疆农用微生物菌剂的有效菌能促进土壤中不溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分的供给能力。有效细菌分泌的胞外多糖是土壤团粒结构的粘合剂，能增强土壤团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质，激活土壤中潜在养分，改善土壤养分供应。

       功能性新疆农用微生物菌剂(简称菌剂)是指含有特定微生物的产品、应用和农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，能够增强植物养分供应或促进植物生长，增加产量，改善农产品品质和农业生态环境。它主要由土壤中常见的三种功能微生物组成：细菌、放线菌和真菌。

       自然界中发现了多种固氮菌，农业应用中也制造了多种固氮菌产品。固氮微生物有50多个属，100多种，包括细菌、放线菌、蓝细菌(蓝藻)等原核生物。根据固氮的特点，可分为三种类型：自生固氮体系、共生固氮体系和组合固氮体系。

       新疆农用微生物菌剂的自生固氮系统可以独立固氮，如嗜铬固氮菌、棕色固氮菌、肺炎克雷伯菌等。在自由状态下，固氮菌会从空气中吸收氮，繁殖后代，并向作物提供微生物残留物，使作物获得氮。固氮效率低，固氮量少，但对增加土壤有机氮化合物有重要作用。

       新疆农用微生物菌剂的共生固氮微生物要与相应的植物建立共生系统才能固氮，是自然界固氮效率较高的系统，约占生物固氮的50%。组合固氮体系是自养固氮和共生固氮的中间类型。复合固氮菌与宿主根系之间存在松散的联结关系。这些固氮微生物可以独立固氮，但固氮活性较低，与相应的植物生活在一起后，固氮活性增强。