新疆农用微生物菌剂是现代生物工程即国际先进技术生产的生物制品。它是一种低碳、纯天然、无毒、无害、没污染的有机菌剂。它能提高土壤肥力，增加土壤中有益微生物的数量和活性，改善土壤活化性质，防止土壤板结;提高土壤肥力、保水、抗寒、快速繁殖形成有益菌群，增强作物抗病能力，增加土壤有机质，防止病菌入侵，减少病虫害生长。促进作物生长、增加作物产量、改善和恢复农产品质量等功能。
       由于化肥的广泛使用，化肥的利用率一直在下降，这是众所周知的事实。由此可见，仅通过增加化肥用量来提高作物产量是有限度的。此外，还存在环境污染等一系列问题。因此，世界各国科学家一直在努力探索如何提高化肥利用率，实现平衡施肥和合理施肥，克服其弊端。在这方面，新疆农用微生物菌剂发挥着独特的作用。

       因此，根据我国农作物的种类和土壤条件，新疆农用微生物菌剂和化学肥料相结合，既能保证增产，又能减少化学肥料的用量和成本，还能改善土壤和农作物的质量，减少污染。

       由于人们生活水平的不断提高，特别是对人们生活质量的要求越来越高，国内外积极发展绿色农业(生态有机农业)，生产安全没污染的绿色食品。

       新疆农用微生物菌剂在制造绿色食品的过程中，要求尽量不使用或少用(或限用)化肥、化学农药等化学品。这就要求肥料首先要保护和促进所施材料的生长和品质提高;二是被施物体无有害物质产生和积累;第三，不会影响生态环境。近年来，我国利用具有特殊功能的细菌制成多种新疆农用微生物菌剂，不仅可以缓解或减少农产品污染，还可以提高农产品质量。

       将城市固体废弃物和具有特定微生物功能的农牧废弃物进行分解发酵，是一种经济、可行、有效的新疆农用微生物菌剂制造方式。目前应用的方法主要有两种。一是大量城市固体废弃物经处理后由工厂直接加工成微生物有机复合肥;二是将工厂生产的专用新疆农用微生物菌剂(接种剂)供给堆肥厂(场)，然后将各种农牧物料堆放起来，加快发酵过程，缩短堆肥周期，同时提高堆肥质量和腐熟度。此外，新疆农用微生物菌剂被用作土壤净化剂。